Keine Ahnung ob es in dem von dir geschilderten Fall eine Handlungsrichtlinie gibt.
Aber es ist doch mit Fingerspitzengefühl des SR ganz gut zu lösen.
Gehen wir davon aus, der SR bekommt mit, dass ein Angreifer zu früh den 16er betritt.

Möglichkeit 1: Direkt verwandelter Elfmeter >>> Elfmeter wird wiederholt
Möglichkeit 2: Direkt verschossener Elfmeter >>> Elfmeter wird nicht wiederholt

Soweit ist ja alles klar, oder? Bei (1) hat sich die angreifende Mannschaft einen regelwidrigen Vorteil verschafft. Statt "sicheres Tor" (bereits verwandelter Elfmeter) wird auf "mögliches Tor" (erneuter Elfmeter) zurückgestellt. Bei (2) hat sich die angreifende Mannschaft ebenso einen Vorteil verschafft, diesen aber nicht genutzt. Dafür muss es keine Strafe geben, denn der nicht verwandelte Elfmeter genügt.

Und viel Umdenken muss ich nicht bei einem Nachschuss durch den zu früh losgelaufenen Spieler. Wirkt sich der unfaire Vorteil aus (Nachschusstor) wird der Elfer analog zu Fall 1 wiederholt. Die angreifende Mannschaft wird demzufolge bestraft durch Aberkennung des Tores.

Wirklich interessant wäre jetzt Folgendes: Der Nachschuss des zu früh eingelaufenen Angreifers wird vom Keeper zur Ecke geklärt. In diesem Fall hätte die angreifende Mannschaft zwar kein Tor erzielt, aber immerhin durch ein regelwidriges Verhalten einen Eckball erzwungen... Hier bin ich mir echt unschlüssig, was die korrekte Entscheidung wäre. Vielleicht einfach Abstoß oder Freistoß für die Verteidigung?